Лишение Пономарева неприкосновенности было инициировано генеральной прокуратурой России, так как в отношении депутата открыто уголовное производство по ч.5 ст. 33 и ч.4 ст. 160 УК РФ («Соучастие в растрате»). Депутата обвиняют в незаконном присвоении $750 тысяч из средств фонда Сколково.
Ныне Пономарев находится за пределами России. По его словам, обратно он вернется лишь тогда, когда уловные дела в отношении него будут закрыты.
В 2013 году Пономарев вышел из партии Справедливая Россия, однако остается членом этой фракции в Госдуме.
Следует отметить, что Илья Пономарев является единственным депутатом Госдумы РФ, который голосовал против аннексии украинского Крыма.
Пономарев уверен, что все обвинения в отношении него «исключительно политически мотивированы».
Голосование по соответствующему решению проходило в открытом режиме. Так, решение поддержали 438 депутатов, один проголосовал против и еще один воздержался.